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          微生物轉錄組測序

          作者:小編 更新時間:2022-05-05 點擊數:

                  細菌轉錄組測序是在實驗中通過去除總RNA的核糖體后進行轉錄組測序,該實驗除了發現基因的差異表達之外,還可以對物種的基因組進行重新的注釋,包括鑒定新基因,sRNA(還包括Ribo-switch),anti-sense RNA,5’UTR,4’UTR,operon等。


              

              1. 測序質量評估分析;

              2. 測序結果的隨機性分析

              3. RNA-Seq生物信息學分析

              4. 基因表達及差異分析

              5. 差異基因COG/KO/GO富集分析

              6. sRNA預測及差異分析

              7. UTR預測

              8. Operons預測

           


             我們采用鏈特異性測序文庫,在進行細菌轉錄組測序研究中,相對于傳統的非鏈特異性文庫,不僅可以更準確的計算基因的表達量,同時可以特異性地發現更多的antisense ncRNA。

           

          Mapper RNAs Type普通測序文庫TK鏈特異性文庫
          Clean reads2182940624122016
          Matched genome2073793522920740
          Matched genome(%)a95.00%95.02%
          protein-coding genes(sense)b46.06%89.09%
          protein-coding genes(antisense)b46.03%2.05%
          ribosomal RNAs(sense)b2.86%2.29%
          ribosomal RNAs(antisense)b0.00%0.00%
          transfer RNAs(sense)b0.00%0.00%
          transfer RNAs(antisense)b0.00%0.00%
          miscellaneous RNAs(sense)b1.50%1.50%
          miscellaneous RNAs(antisense)b0.00%0.00%
          unannotatedb2.54%3.57%



          (一)樣品類型

            1. 總RNA;樣品濃度:≥250 ng/ul;樣品總量:>10ug;樣品純度: OD260/280為1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm處有正常峰值。RNA完整性: 電泳檢測28S/18S≥1.5。

            2. 組織:樣品取樣后立即液氮速凍,保存于液氮或超低溫冰箱中。請盡量使用新制備的樣品且樣品量至少滿足3次以上提??;

           

          (二)樣本運輸

            1. 總RNA樣品請溶于RNase-free H2O或乙醇中,置于1.5 ml RNase-free離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口,干冰運輸;

            2.菌體取樣后置于凍存管中并標注,使用足量的干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。


          飛凡檢測質檢報告流程

          1、 提供產品資料

          2、 工程師根據您品資料的產品推薦合適檢測項目,并給出報價

          3、 確認報價沒有問題,然后把樣品送到我們實驗室

          4、 支付檢測費用,安排檢測

          5、檢測完成,出具檢測報告,郵寄給客戶

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          飛凡檢測致力于打造國內專業的第三方檢測服務公司,不斷優化整合市場檢測資源,飛凡檢測與多家科研院所,如上海同濟大學,蘇州大學,SGS,TUV,以及國內眾多知名的檢測公司進行深度合作,共同為國內制造業服務,為中國的制造業開拓海外市場保駕護航,為我們日常生活的健康安全樹立標桿;公司目前工程師百余人,95%以上是本科以上學歷;我們合作的實驗室通過CNAS,CMA(EZ),所出具的任何一張報告都有CNAS,CMA資質,確保出具的每份報告都具有權威的法律效力。



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